Die Wurzeln des Familienunternehmens reichen zurück bis zur homöopathischen Praxis des Großvaters des heutigen Firmeninhabers. Der Heilpraktiker Georg Pflüger entwickelte eigene homöopathische Präparate, die er mit großem Erfolg bei seinen Patienten anwendete. Sein Sohn Alexander Pflüger begann im Jahre 1949 mit der industriellen Fertigung der vom Vater entwickelten Rezepturen und gründete das Homöopathische Laboratorium Alexander Pflüger.
Heute wird das Unternehmen in dritter Generation von den Apothekern Horst Pflüger und Astrid Kipp geführt und hat sich zu einem mittelständischen Betrieb mit mittlerweile 130 Mitarbeitern am Firmenstandort Rheda-Wiedenbrück entwickelt.